I 1257 ble Bonaventura valgt til ny ordensgeneral hos fransiskanerne. Dette var en tid med store indre motsetninger i ordenen. Hovedproblemet lå i kontroversen mellom spiritualer og konventualer. De første sto for en bokstavelig tolkning av den opprinnelige regelen med særlig vekt på fattigdomsidealet, de siste for en mer avslappet og «moderne» holdning. Bonaventura tilhørte klart den siste fraksjonen og gikk til dels hardt ut mot motstanderne.
Bonaventura regjerte fransiskanerne med streng hånd. Alle aspekter av ordenens liv regulerte han. På mange måter var det han som egentlig skapte fransiskanerordenen. Han var venn av Ludvig 9 den hellige av Frankrike og en av kirkens sentrale fyrster. Ved valget av etterfølger til pave Klemens IV i Viterbo i 1271 var det han som sørget for flertall for Theobald Visconti, den senere Gregor X. Belønningen for Bonaventura var biskopstolen i Albano og en kardinalhatt på kjøpet. Bonaventura var også en av organisatorene av det økumeniske konsilet i Lyon i 1274, der grekerne i hvert fall i ord aksepterte en gjenforening av kirken. Midt under konsilet døde Bonaventura, forgiftet, sa de som sto ham nær, skjønt hvem skurkene i stykket skulle ha vært slett ikke er klart.
Allerede mens han levde hadde Bonaventura rykte for uvanlig fromhet, og mirakler ble tilskrevet ham. Det er ikke helt lett for moderne øyne å forene dette bildet med den aktive og autoritære kirkefyrsten han også var. Han ble kanonisert av Sixtus IV i 1482 og utnevnt til en av kirkens ofisielle doktorer av Sixtus V litt over hundre år senere. Allerede tidlig var han kjent som den serafiske doktor, kanskje ut fra serafens symbolske betydning for fransiskanerne. Dante plasserte Bonaventura blant helgenene i Paradiset, og han er også byen Lyons skytshelgen. Hans festdag er 14 juli.
Som så mange av samtidens tenkere var Bonaventura teolog, ikke filosof. Mesteparten av det vi kaller filosofi i middelalderen oppsto i en teologisk kontekst. Bonaventuras hovedverk, som i omfang nærmet seg de store summaene, var hans kommentar til Peter Lombardus' Sentenser, den viktigste læreboken i teologi ved datidens universiteter. Hans Breviloquium var en kortere utgave av hovedverket, og den lille Itinerarium mentis in Deum det som er mest kjent i dag.
Som teolog var Bonaventura lite kontroversiell. Lik mange fransiskanerteologer fant han en viktig inspirasjon i Augustin. Han var klart mer skeptisk til Aristoteles enn for eksempel Thomas Aquinas var. Likevel var han skolastiker god nok, noe som betyr at tendensen i tenkningen hans var aristotelisk, ikke platonsk. Relativt til de nye tankene på 1200-tallet framstår Bonaventura som forsvarer av tradisjonen, noe som rimer godt med hans aktivitet som kirke- og ordenspolitiker. Hans rykte som mystiker, for eksempel i verket om Sjelens vei til Gud, kan synes noe overdrevet. Mystikken hans virker mer konvensjonell enn opplevd.
Det er vanskelig å se på Sjelens vei til Gud som i seg selv spesielt «mystisk». Kanskje er det bedre å beskrive det som en forberedelse for mystikerens direkte skuen av Gud. Når en har klatret opp stigens seks trinn, har en ikke bare steg for steg brutt kontakten med den sanselige verden, men også transcendert grensene for sitt eget indre. Frans var utvilsom en ekte mystiker. Hans ekstaser, hans livsløp og hans stigmer bevitner dette. Bonaventura er vanskeligere å bedømme, vi har ikke den samme tilgang til hans indre liv. Men han virker mer som en intellektuell enn en emosjonell mystiker, mer som en pedagog som prøver å verbalisere de mystiske elementene i sin ordens ideologi enn en ekstatisk entusiast.
Bonaventura blir gjerne satt opp mot Thomas, den ene aristoteliker, den andre nyplatoniker. Noe sant er det i dette, men det er mye nyplatonisme i Thomas, og tilsvarende mye aristotelisme i Bonaventura, og som skolastikere står de mye nærmere hverandre enn det i utgangspunktet kan se ut til. Bonaventuras eksplisitte kilder er Bibelen, Augustin og pseudo-Dionysios. Men selv om de ikke nevnes, må de store arabiske filosofene i middelalderen, særlig Alfarabi og Avicenna, ha hatt stor innflytelse både på Bonaventura og Thomas. For Thomas var naturligvis også aristotelikeren Averroes av største betydning.
Nyplatonismens distinksjon mellom kropp, sjel og intellekt lå til grunn for for Bonaventuras tredeling, og fordoblingen av de tre nivåene slik at vi får seks trinn på stigen fra menneske til Gud, hadde sitt opphav i Platons linjeliknelse i dialogen Staten. Her skilte Platon mellom direkte og indirekte erkjennelse, og Bonaventura tilsvarende mellom å erkjenne Gud i ting eller gjennom ting. At de seks trinnene kan assosieres med skapelsens seks dager, gjør regnestykket bare enda mer tiltrekkende for Bonaventura.
Det mest slående ved Bonaventuras skrift er at de mange bibelsitater til tross, er det ikke åpenbaringens Gud vi møter, men Gud slik han har meddelt seg i skaperverket og gjennom de sensible og intellektuelle evner han har utrustet oss med. Slik sett tilhører Sjelens vei til Gud en i vid forstand naturteologisk tradisjon. Her må «i vid forstand» understrekes, for i likhet med sin mester Augustin så Bonaventura argumentet fra naturens orden som bare de laveste trinn på stigen.
Veien videre fører fra den ytre verden inn i vårt eget indre. Fra våre sjelsevner kan vi på platonsk maner utlede eksistensen av et perfekt vesen, Gud, og hans treeninghet harmonerer totalt med arten og antallet på sjelsevnene. Men verken naturen eller vårt indre besitter den absolutte perfeksjon som kan uttrykke Guds vesen adekvat. Først når intellektet frigjør seg fra sin bundethet til det materielle og sitt eget ego kan det gjennom en renset kjærlighet nærme seg Gud og gripe hans evige natur.
Bonaventuras Eros-filosofi er naturligvis platonsk og augustinsk. Som tenker var han ganske konvensjonell og med et sterkt ønske om å bevare tradisjonen. Ingen store nyheter, var tilsynelatende hans devise! Likevel representerte hans intellektuelle mystikk på sikt en viss trussel mot Kirkens lære, siden den framhevet fornuften snarere enn åpenbaringen. Augustin har aldri vært den mest stuerene av kristne teologer, og tenkere innen Bernards og Bonaventuras tradisjon som for eksempel Eckhart i århundret etter Bonaventura, har ikke sjelden fått merke det.