Det var tre trekk slike bevegelser hadde felles: troen på muligheten for et ekte kristenliv i verden, ønsket om å få lese Bibelen på sitt eget språk, og retten til å preke og misjonere. Av disse så Kirken på det første som nesten udelt positivt, det andre som helt uakseptabelt, og det tredje som uønsket, men likevel godtakbart under visse omstendigheter. Gjennom en smertelig prosess på slutten av 1100- og begynnelsen av 1200-tallet maktet Kirken å styre utviklingen: De mest ekstreme lege bevegelsene ble heretisert, de andre brakt under fast, kirkelig kontroll.
Av de siste er vel fransiskanerordenen den mest kjente. Den hellige Frans av Assisi var naturligvis en unik religiøs personlighet, men som type ikke uvanlig for sin tid. At rike solgte det de eide og ga til de fattige, for så å leve et liv i fattigdom, bønn, bot, misjonsarbeid og gode gjerninger, forekom slett ikke sjelden i denne intense tiden. I 1210 fikk Frans en foreløpig godkjennelse for sin orden av Innocens III.
Fransiskanernes livsform og engasjement gjorde et dypt inntrykk i samtiden, og ordenen vokste med rekordfart. Dette var ikke munker som isolerte seg i til dels meget rike klostre med kanskje tvilsom rykte for sitt kristenliv, men åpenbart sterkt religiøse personer som frivillig valgte fattigdom og et liv som vanlige menneskers tjenere og velgjørere. Men ordenen ble snart rammet av sterke indre motsetninger. Det radikale fattigdomsløftet lot seg vanskelig forene med et effektivt misjons- og menighetsliv. Det oppsto raskt to fraksjoner - spiritualene og konventualene - som la vekt på hver sine prinsipper. Spiritualene ønsket å virkeliggjøre Frans' opprinnelige ideal om Kristi etterfølgelse, og de så på den etablerte kirken med stor skepsis. Når de i tillegg begynte å beskjeftige seg med Joakim av Fiores for Kirken temmelig suspekte historieteorier, kom reaksjonene. Selv om den spiritualistiske tradisjonen aldri døde helt ut blant fransiskanerne, ble de presset ut av ordenens ledelse og disiplinert med til dels harde midler. Ikke minst Bonaventura svingte som ordensgeneral tuktens ris over sine munkebrødre.
Mot slutten av 1200-tallet var fransiskanerne en veletablert og ikke minst, i hvert fall i praksis, rik orden. I stedet for en skare fattige og fillete tiggermunker finner vi lærde intellektuelle som foreleser i Paris og Oxford om dype filosofiske problemer eller preker for tidens konger og fyrster ved høytidelige anledninger. Dette viser nok en gang hvor vanskelig idealet om et apostolisk liv lar seg forene med en organisert kristendom. Av kjente fransiskanere i middelalderen har vi Roger Bacon, Alexander av Hales, Bonaventura, Duns Scotus, Ramon Lull og William Ockham.