Etter peloponneserkrigen (431-404), hvor Athen led et knusende nederlag, hadde tretti tyranner tatt makten i Athen. De ble imidlertid snart styrtet, og et fanatisk demokrati overtok. Bystatskulturen, eksemplifisert ved gullalderens Athen, kom aldri til å bli den samme igjen. Før tyrannstyret hadde Athen vært et demokrati i 100 år. Diskusjon mellom likeverdige borgere på byens torg (agora ) hadde vært en sentral del av en fri borgers gode liv. Nå ble fritenkere, som Sokrates og hans krets ble mistenkt for å være, uglesett.
Sokrates hadde vært lærer for flere av tyrannene. Nå ble han mistenkt for å være proponent for slike antidemokratiske holdninger som hadde hjulpet tyrannene til makten. Han og hans frittenkende venner, deriblant Platon, ble også mistenkt for ikke å anerkjenne fellesskapets verdier: politisk stabilitet og økonomisk vekst. Sokrates satte, som hans elev Platon skulle komme til å gjøre, åndelige verdier høyere enn materielle.
I Athen førte tiltalte selv sitt forsvar overfor en jury bestående av mellom 200 og 1000 borgere utvalgt ved loddtrekning. Denne gangen var det 501, som alltid et oddetall. Sokrates viste seg som en fullbefaren retor.
Platon, som var 28 år gammel da rettssaken ble ført, har antageligvis fått talen referert av andre og skrev den ned endel år senere.
I forsvarstalen forteller Sokrates hvordan innbyggerne i Athen i flere år har snakket nedsettende om ham som en "kloking", dvs. sofist. Han er blitt beskyldt for å studere det som er "på himmelen og under jorden" og for gjennom retoriske knep å "gjøre den svakere sak sterkere", ting man pleide å si at sofister drev med. Slike kunnskaper har han ikke, sier Sokrates, og hans fattigdom kan vitne om at han ikke er sofist.
Han henvender seg så direkte til sin anklager, Meletos, og spør ham om det er slik at han, Sokrates, er den eneste i Athen som forderver ungdommen, mens alle andre gavner den. Slik mener Meletos at det er. Isåfall, sier Sokrates, burde byen prise seg lykkelig. Han fremholder også at han, dersom han virkelig har skadet ungdommen, ihvertfall ikke har gjort det med vilje. Ingen vil vel tro at Sokrates er så dum at han ikke forstår at han ved å skade andre også vil skade seg selv
Anklagen om gudløshet avviser han som absurd. Han er blitt beskyldt for å ville sette nye daimoner istedet for de av staten anerkjente guder. Ettersom daimoner enten er guder eller barn av guder, er det umulig å tro på daimoner uten samtidig å tro på deres opphav, gudene.
Når Sokrates har plaget Athens innbyggere med spørsmål, har det vært utøvelsen av et guddommelig kall. Han forteller hvordan en av hans ungdomsvenner en gang dro til Delfi for å spørre oraklet om det fantes noen visere mann enn Sokrates. Pytia (oraklet) svarte at det ikke gjorde det. Dette forbauset Sokrates, som begynte å spørre ut Athens innbyggere for å undersøke om han ikke kunne finne én som var visere enn han selv. Slik fant han ut at mange som syntes de selv var vise, var uvitende om sin egen uvitenhet.
Den viseste blant mennesker er den som vet at han ingenting vet. Kun guden (Apollon) er vis, selv er Sokrates philo-sophos, en søker etter visdom. Sokrates' forsvarstale er et forsvar for bios theoretikos . Det ugranskede liv er ikke verdt å leve, sier han. Han beskriver filosofgjerningen som en kamp og bruker eksplisitt militære metaforer. Siden Sokrates var gammel krigshelt fra peloponneserkrigen, må mange av jurymedlemmene ha opplevd det som pinlig å skulle dømme ham for samfunnsnedbrytende virksomhet.
Selv om Athens borgere er blitt irriterte når han som en klegg stadig har plaget dem med spørsmål, har Sokrates satt sin plikt overfor guden høyere enn sine medborgeres oppfatning. Han forteller at en indre stemme, en daimon, har voktet ham og advart ham når han har vært i ferd med å gjøre noe galt. Denne "demoniske stemmen" skiller seg fra vår moderne samvittighet og det freudianske overjeg i at den ikke er en instans i Sokrates' selv, men noe som kommer utenfra og som også står over samfunnets normer. Denne daimonen forteller ham ikke hva han skal gjøre, bare hva han ikke skal. Den har f.eks. hindret ham i å engasjere seg i bystatens politikk.
Sokrates ble med 280 mot 221 stemmer funnet skyldig i de forbrytelser han var anklaget for. Anklagerne hadde anmodet om dødsstraff, men Sokrates fikk, som athensk rettspraksis tilsa, anledning til selv å foreslå en alternativ straff. Han syntes at staten burde beære ham med et festmåltid som belønning for de tjenester han hadde gjort byen. Etterpå lot han seg av sine venner overtale til å anmode om en pengebot. Sokrates ble av et stort flertall idømt dødsstraff
Han avslutter med å si at å dø nå vil være det beste som kan hende ham. Det ville være utenkelig å skulle fortsette å leve uten å fortsette sin sannhetssøkende virksomhet. Døden frykter han ikke. Dersom døden hadde vært noe ubehagelig, ville hans daimon ha advart ham. Enten vil han opphøre å eksistere, eller sjelen vil bli flyttet dit hvor Homer og hans helter bor og der møte sine virkelige dommere. Særlig interessant vil det bli å møte de gamle helter som har lidd døden ved urettferdig dom.
Prosessen mot Sokrates er blitt kalt historiens første justismord. Hvorfor ble egentlig denne 70 år gamle filosofen dømt til døden? Som tidligere nevnt må rettssaken sees som et oppgjør både med tyrannene og sofistene. Sokrates var mistenkt for å støtte oligarkiet (fåmannsveldet), og sofistenes relativisme ble ansett for å være en trusel mot samfunnets normer. Utslagsgivende var nok likevel hans stolthet og manglende anger, som juryen nok oppfattet som provoserende hybris (overmot).
Sokrates' Forsvarstale eller Apologien er vår viktigste kilde til kunnskap om mennesket Sokrates. Verket tilhører Platons ungdomsdialoger. I senere dialoger får Sokrates mer karakter av å være Platons talerør, en idealisert figur.
I Aristofanes' Skyene fremstilles Sokrates som en tåpelig sofist og orfist.
I historikeren Xenofons (ca.430/25-ca.354 f.Kr.) Memorabilia er Sokrates stort sett en bedrevitende og moraliserende besteborger. Kierkegaard bemerker at hvis Xenofon hadde rett, måtte vi tro at folk i Athen ville ha Sokrates av dage fordi han kjedet livet av dem.