De katolske habsburgerne valgte i 1617 erkehertug Ferdinand til konge av Bøhmen, krenket en del av adelens privilegier og ødela en del protestantiske kirker. Da noen protestanter kastet et par av den habsburgske keiserens utsendinger ut av et vindu i slottet i Praha i 1618, var det hele i gang. Den protestantiske union, stiftet 1608 og ledet av Ernst von Mansfeld (1580-1626) av Pfalz angrep. Nå fulgte den bøhmisk-pfalziske krig (1618-23). Ferdinand II ble valgt til keiser, men han ble ikke anerkjent i Bøhmen. Protestantene valgte i stedet Frederik V av Pfalz til konge. Keiseren angrep med hjelp fra Spania og den såkalte katolske liga (1609), anført av Maximilian I og hærføreren Johannes von Tilly (1559-1632) av Bayern. Katolikkene vant Slaget ved Hvitfjellet utenfor Praha i 1620, som sendte Frederik i landflyktighet i Holland. Bøhmen ble så et habsburgsk arveland med eneveldig styre.
Senere fulgte den dansk-niedersachiske krig (1625-29), hvor Christian IV av Danmark-Norge involverte seg på protestantisk side. Det samme gjorde Gustav II Adolf av Sverige i den svenske krig (1630-35). Svenskekongen reddet protestantismen i Nord-Tyskland ved å slå Tilly i Slaget ved Breitenfeld i 1631 og Lützen i 1632, der kongen falt. I den fransk-svenske krig (1635-48) gikk det katolske Frankrike inn på Sveriges og protestantenes side i kampen mot habsburgerne. Ved Freden i Westfalen 1648 ble habsburgernes hegemoni i Europa avverget, og den religiøse toleranse styrket. Frankrike, Sverige og Nederlendene ble som seierherrer nye stormakter. I Tyskland seiret enkeltfyrstenes frihet over den keiserlige sentralmakten. Keiserriket ble oppløst, og Østerrike adskilt fra det tyske riket.